O pogibiji junaka pred kojim se i neprijatelj sklanjao ostala su bar dva do danas nerasvetljena svedočenja. Oba tvrde da su u to bili umešani upravo oni na čijoj strani se borio. Zna se i da je vojskovođa pre toga pukim čudom preživeo bitku na Ravnju, gde je srpska vojska doživela veliki poraz.

Nerazjašnjena junakova pogibija – slučajnost ili pažljivo skovana zavera?

Većina vođa ustanka, među kojima beše i Zmaj sa salaša Noćajskog, vratila se nakon toga u Srem – u to vreme terirotiju tadašnje Austrije. U Srbiji se ubrzo počelo govoriti o novoj pobuni, ali Čupićevi saborci nisu bili radi da ponovo kreću u boj. Jedan od njih je i otvoreno predložio da se zapute preko Drine do Bijeljine, gde bi sa turskim starešinama pregovarali o miru. Stojan Ćupić se, pak, odmah zaputio niže od Save i počeo da poziva vojnike u boj.

Od tog trenutka, istoričari se nisu sasvim složili oko detalja njegove smrti. Savremenik slavnog vojskovođe, Vuk Karadžić, beleži da su ga godine 1815. kmetovi na prevaru nagovorili da pođe s njima na mirovne pregovore. Čupić je pristao, smatrajući da će tako dobiti na vremenu dok novi vođa ustanka, knez Miloš Obrenović, ne okupi vojsku.

Ne sluteći zaveru, Čupić se preko Drine zaputio sa svega desetak svojih ljudi. Izdaju saboraca otkrio je na licu mesta – odmah je predat neprijateljima koji ga odvode kod turskog paše u Zvornik. Tamo je zatočen, a zatim pogubljen i bačen na smetlište.

Sličan događaj opisao je i istoričar Milan Đ. Milićević – da su Stojana izdali mačvanski kmetovi nakon njegovog insistiranja da se narod izjasni „za krst ili ibrik“. Odbijajući da ponovo udare na Turke, kmetovi su odabrali ibrik. Treća verzija, pak, tvrdi da je Čupić stradao bežeći od kneza Miloša: preobučen u prosjaka, u Zvornik je otišao sam. Tamo su ga Turci prepoznali i presudili mu po nalogu sultana, a kasnije ga je našao jedan Srbin koji ga je i dostojno sahranio.

Kome je zasmetao nesuđeni srpski knjaz?

Ispostaviće se i da je Čupićeva smrt mogla imati drugačiju pozadinu. Pre nego što je srpska kruna pripala knezu Milošu, jedan od njegovih najvećih konkurenata u trci za presto bio je upravo Zmaj od Noćaja. Miloš Obrenović pre toga se već razračunao sa voždom Karađorđem, dok je Čupić, kao istaknuti vođa Prvog srpskog ustanka, zapretio da zauzme njegovo mesto. Kako bi se rešio protivnika, budući knez ga je na prevaru predao Turcima.

Dva veka kasnije, i dalje nije razjašnjeno koja od ove četiri verzije je najverodostojnija. Ono što se zna jeste da je Čupić ostao da počiva na pravoslavnom groblju u Zvorniku. Kada su Srbi nakon Prvog ustanka svi do jednog napustili grad, o njegovoj humki je nastavila da se stara jedna muslimanska porodica.

Tako je i ostalo sve do 1988. godine, kada je prenet u Srbiju i sahranjen nadomak crkve u Salašu Noćajskom. Zvanično, istorija se složila sa time da su Stojana Čupića izdali oni za koje se očekivalo da budu na njegovoj strani. To mu je još više zapečatilo status junaka koji je beskompromisno stajao uz narod, istrajavajući u nastojanju da ga najzad izbavi od neprijatelja.