Ispravno je napisati spojeno, tj. "nedostaju".
Iako počinje na "ne", glagol "nedostajati" zapravo nije odričan glagol već je "ne" u ovom slučaju sastavni deo reči, a ne u službi prefiksa ili rečce. Zbog toga, ispravno je napisati spojeno "nedostaju".
SLIČNI SLUČAJEVI: negovati, nektar, negde...
PRIMER: "Nedostaju mi bolji dani."